În secția bacteriologie se fac încercări de laborator a materialului patologic, avortoni, materialului seminal, lavaje de pe utilaj și încăperi, apei, hranei, conservelor, fecalelor, prafului, penelor, laptelui, peștelui, albinelor, puietului de albini la toate bolile bacteriologice pentru animalele domestice.
În secția bacteriologie se petrec cercetări de laborator la Antrax, Bruceloză, Campilobacterioză, Listerioză, Rujet, Salmoneloză, Colibaciloză, Pasteureloză, Loca Americană, Loca Europeană, Pseudomonoză, Aeromonoză, Numărul total de germeni în apă, Mastită, Staphilococoză, Streptococoză etc.
Secția bacteriologică ocupă 7 camere, care sunt împărțite în 2 zone : ,,zona curată,, unde se află cabinetul medicilor si camera unde se prepară mediile pentru cercetări, ,, zona murdară,, unde se petrec cercetările.
Secția bacteriologie este dotată cu echipament modern, medii și dezinfectanți.
În anul 2020 secția Bacteriologie a fost acreditată conform standardului SM EN ISO/IEC 17025:2018 de Centrul Național de Acreditare din RM, MOLDAC cu oferire certificatului de Acreditare Nr.LÎ-004, în domeniile :
Detectarea și tipizarea serologică a Salmonellei spp. conform standardelor Material biologic (fecale/bahile): SM SR EN ISO 6579-1:2017 și SM CEN ISO/TR 6579-3:2014
La moment secția pregătește pentru acreditare 4 metode noi: